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C++使用htslib库读入和写出bam文件的实例

C++使用htslib库读入和写出bam文件的实例

有时候我们需要使用C++处理bam文件,比如取出read1或者read2等符合特定条件的序列,根据cigar值对序列指定位置的碱基进行统计或者对序列进行处理并输出等,这时我们可以使用htslib库。htslib可以用来处理SAM, BAM,CRAM 和VCF文件,是samtools、bcftools的核心库。 #include <stdio.h> #include <stdlib... »